【罗工秘籍11】为什么你的流式图不够好看？

经常有老师会问我，罗工，这个流式的图怎么和上机的时候看的不一样？罗工，为啥文章里的流式图做的那么好，我的怎么做的那么丑啊，是哪里做的不好吗？

 

其实，很多时候我们的结果已经做的足够好了，只是需要在分析软件上进行一定的调整，才能让我们的流式结果更好的呈现出来，今天就来教教大家如何使用flowjo这个软件来让我们的流式实验结果展示的更加美观，亦或是更加还原上机时的实验结果。

首先我们还是需要使用到flowjo这款软件，如果没有的同学可以在既往教学里找到下载地址，这里就不重复放了。

 

那么我们在数据分析时常会碰到哪些结果展示不好的情况呢？

1. 细胞压边， 细胞一部分被压在了0值附近，导致图片的结果显示不完全，这种情况是最常见的，往往是因为电压调节的过低导致，例如下图：

此时细胞的横纵轴都存在不少压边细胞，压边的细胞在有的仪器上还会出现影响细胞分辨率的情况出现，例如上图使用Verse这台仪器就出现了0值附件的“断点”式散点图，非常影响实验结果的美观。

 

而有时细胞的阳性太高，超出了当前的显示上限，也会对我们造成困扰：

像如上这个结果，不仅存在0值压边，因为Ly-6C和F4/80的表达很高，导致还有一部分超出了检测的上限。

 

其实，如上图2种情况很多时候我们是可以调节好的，怎么调节呢？

我们选择打开flowjo荧光通道旁边大写的“T”字母，选择最下方的自定义参数轴：

在flowjo的自定义参数轴界面中，先选择将坐标轴类型更改为biex，然后放大坐标轴的上限，即可把当前坐标轴的细胞适当的拓宽到合适的位置。

拓宽后的结果，就不会再存在着上述的“压边”困扰了，整个实验结果也显示的更加美观：

当然需要注意的是，并不是每台流式细胞仪的结果都能够在如上调整后得到理想的实验结果：

如一些比较古老的经典4色流式仪，压边后都无法完美开启负轴（仪器太老，压根没负轴这个功能0.0）

还有一些小厂的仪器，例如Guava，或者是cytek这些品牌/型号的流式仪检测上限是非常窄的，高表达的细胞很容易就压上限了，也无法通过增加上限显示的方式调整到位。

 

2. 实验结果存在比较强的补偿“振幅效应”，让实验结果非常不美观，或是实验结果负轴显示过度，即阴性细胞群被缩放到很小一小群，让实验结果分群不清晰；


同样的，如果反过来阴性细胞群压缩的太厉害了，也可以通过缩放的方式调节到比较美观的实验结果：

3. 获取细胞数不足，让流式检测的结果显示不够美观或分群不清晰。

这个情况也是很多时候我们会碰到的，例如，检测的细胞数太少，如果直接列散点图的话就会显得非常单薄：

例如这张CD8/CD25的双参数图，有经验的老手当然一眼就能gate出双阳门，但是门内的细胞太少，放到文章里难免不被说实验结果不够好。

 

这时,我们可以考虑更改图像类别，来得到更好的实验结果展示：

在当前流式图下方的选项中选择zebra plot显示，勾选smooth和show outlies选项，图片的阳性结果瞬间就更加清晰的展现在大家面前了：

Flowjo还有很多其他的图像展示类别，每种都有着不同的妙用。本期的罗工秘笈到这里也告一段落了，大家有GET到吗？也欢迎各位老师在留言区进行分享哦~