【罗工秘籍45】流式分析的圈门思路之--先分析淋系还是髓系？

最近一段时间，罗工发现越来越多的老师开始着手进行或者设计多色流式免疫亚群的检测方案，所以最近几期会着重和大家聊聊多色流式的圈门分析思路，旨在帮助大家更好的在实验后完成自己的数据分析，得到更准确的流式结果。

多色流式免疫亚群的检测是当下的一大趋势：
一方面，更多的指标让我们在一份样本中同时获取了更多的免疫亚群的比例信息，减少了我们的实验工作量，分担了我们的工作压力和试剂损耗；
例如下图：相比两组完成的流式方案，选择一组完成的多色方案会更节约CD45和死活染料的试剂，同时减少一半的样本损耗和大量工作时间：

另一方面，单样本多指标的检测有利于我们后续对实验结果进行更多的算法分析，例如现在流行的一些降维和聚类分析。
例如下图，利用降维分析T-sne直接获得多细胞亚群的可视化关系：

因此，我们有很多老师会选择将一些淋巴和髓系的细胞亚群marker同时标记于一个样本，期望获得不错的流式结果，那么在圈门分析时应该是先圈淋巴亚群，还是先圈髓系呢？
今天罗工就在这里给大家讲讲，在同时分析多细胞亚群的流式结果时，个人推荐先圈髓系亚群。理由如下：

1.    髓系亚群的FSC SSC更大，大面积会有更多的非特异性抗体着色，我们会发现一些淋巴亚群的marker在髓系上也有着细微的非特异性表达，如果直接圈取，等于增加了淋巴亚群的假阳性信号：

  
如上图，我们看到在SSC med-high的位置 均存在CD3/CD56的阳性表达，这是不太符合常规的淋巴细胞位置的，很可能就是髓系细胞的非特异性着色；

2.    髓系亚群的形态更难确定，需要通过biomarker来完成样本的筛选；
 
相对而言 CD45high ssclow更容易获得淋巴细胞的位置，而髓系细胞的位置相对弥散也不够成群（包含单核+粒细胞群），更需要biomarker的定位来获得。

综合如上两点，我们可以选择先圈出髓系来排除非特异性结合，再来精准的根据细胞形态&biomarker来圈出淋巴亚群：

对比两组圈门：
1.    先淋巴，后髓系：
 
2.    先髓系，后淋巴：
 
此时淋巴亚群的SSC/淋巴的图如下，对比直接圈，这样的非特异性统计就会大大降低了：