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【罗工流式秘籍60】Flowjo图像展示方式的合理选择与适用情况(下)

时间:2023-02-07 11:24:41
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上期已经给大家介绍了流式结果图呈现方式的转化,及2种展示图的使用,这期我们接着说余下的几种。

③等高线图(Countor Plot)

将细胞以等高线的形式进行排列,细胞密度大的地方,它的等高线就会越高。

等高线图右边的level值可以调节来改变小伙伴们对结果呈现的需求。

我们常用等高线图来弥补收集的目的细胞很少,导致的结果展示上的瑕疵。

如下如左,对亚群的比例进行展示时,这个结果图其实就已经非常不好看了,这时选择等高线图是可以遮盖掉这个瑕疵的。

 


④斑马图(Zebra Plot)

它是密度图和等高线图的组合形式,其优势为可以将一些分群不清晰的细胞群,展示的比散点图或者其他图更加明显。

 

 


⑤伪彩图(Pseudocolour)

伪彩图分2种主要展示形式,其中第1种是软件默认的结果输出图,也是我们大多数人最常用的。

它就是在散点图的基础上,额外添加热力颜色,通过颜色的深浅展示细胞的密度,相当于散点图和密度图的融合。

第2种伪彩图形式,可通过直接点击右键,选择smooth选项进行切换,类似斑马图,能够让我们更好的分开细胞群落,同时又保留了密度图的热力颜色,现在有很多的文章中都是以第2种伪彩图去展示流式结果的。

 

 


⑥其他

a三维图,会有一个Z轴,Z轴的荧光强度以这种热力颜色的方式进行展示。

b我们很常见的,单参数直方图,但这种展示方式,除非细胞群分的很清晰,不然往往容易造成一定的困扰,常规并不太推荐使用。

 


c现在也有更好的高维数据的展示方式,经过一些算法分析之后的降维的展示方式,比如像t-SNE就是对高维多参数同时展现在一张图里的结果。

 

 


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