前列腺癌Panel cfDNA标准品

背景介绍

前列腺癌（PC）是世界上最常见的癌症之一，是一种具有各种临床结果的异质性疾病。目前，液体活检可使用ddPCR, NGS检测低至2-10ng的DNA变异，但在整个过程中，如何密切模仿低输入患者样本的标准品对于检测限(LOD)的确定、验证和常规检测性能的监测至关重要。

 

Horizon Discovery研发的前列腺癌panel cfDNA标准品是一种新的癌症特异性液体活检参考标准，也适用于微小残留病灶(MRD)的检测，可用作诊断、治疗、监测患者反应的预测和预后工具。

 

该panel具有高度的特征，细胞系来源、可重复性高，可控制液体活检过程 中每一步的变量。它由混合细胞系制备而成，包含15个临床相关的突变，详见表1：

表1. HD836 Prostate Panel variants

 

产品特点

● 涵盖9个基因的15个多重变异，包括SNV, indes和SVs

● 不同的突变频率挑战检测极限

● 确保检测性能end-to-end流程评估

● 校准cfDNA物理参数的测量

● 加速、验证、标准化新型前列腺Panel的临床应用

 

产品信息

● 片段大小：160bp

● 单位规格：350ng/vial

● 浓度：20ng/ul

 

开发和验证研究

1）选择含有致病体细胞变异的细胞系和经基因工程编辑获得所需特定位点变异的细胞系制备，覆盖和前列腺癌中临床最相关的通路。所有细胞系均经验证，包括对每个感兴趣基因的倍性分析、拷贝数测定；所有变异均经Sanger测序和ddPCR证实 (图1)。

 

图1. Average Allelic Frequencies (%) of biomarkers. Allelic frequencies obtained from three batches tested in the validation process (mean with SD bars shown).

 

2）从经验证后的细胞系中提取基因组DNA，并以特定的比例混合，产生含有不同突变频率的多重混合物（图2）。

图2. Representation of 2 of the 15 biomarkers analyzed by ddPCR. Grey-FAM (mutant) negative VIC/HEX (WT) negative; Blue- FAM positive; Green-VIC/ HEX positive; Brown- FAM positive VIC/HEX positive.

 

3）确保准确性和一致性：选择3个独立生产批次的gDNA，超声打断至160bp后，使用TapeStation评估片段长度、 Qubit dsDNA BR检测浓度 (图3)。

图3. cfDNA analysis for size distribution by High Sensitivity D1000 and D1000 ScreenTape assay on the TapeStation system. All three batches of cfDNA are within the acceptance criteria for average size of 160bp (160bp + 10% 144bp-176bp).

相关好物推荐

货号	品名	规格
HD836	Prostate Cancer Panel cfDNA Reference Standard	350ng/vial
HD837	Prostate Cancer Panel cfDNA Reference Standard (Negative Control)	350ng/vial

参考文献

#1. Clinical utility of emerging biomarkers in prostate cancer liquid biopsies. Boerrigter E, Groen LN, Van Erp NP, Verhaegh GW and Schalken JA (2019). Expert Review of Molecular Diagnostics, 20:2, 219-230.

#2. Prostate cancer. Rbello R, Oing C, Knudsen K, Loeb S, Johnson D, Reiter R, Gillessen S, Van der Kwast T, Bristow R (2021). Nat Rev Dis Primers. 4;7(1):9.

#3. Circulating cell-free DNA-based detection of tumor suppressor gene copy number loss and its clinical implication in metastatic prostate cancer. Dong X, Zheng T, Zhang M, Dai C, Wang L, Wang L, Zhang R, Long Y, Wen D, Xie F, Zhang Y, Huang Y, Dong J, Liu H, Du P, King BL, Tan W, Jia S, Lu CX, Kohli M, Wang H and Yu J (2021). Front. Oncol. 11:720727.