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小优来解答∣siRNA转染,这些FAQ你get了吗?

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siRNA溶解稀释要小心
1.溶解条件
专用siRNA Buffer:有长期冻存需求,Buffer可以确保更长时间的siRNA稳定性
RNase-free水:短期内冻存、体内实验(普通Buffer因未针对生理条件进行优化,不能用于体内实验)
2.储存条件
冻干粉可在室温稳定2~4周
溶解好的siRNA可在4℃稳定保存6周,-20/-70/-80 ℃稳定保存至少1年
溶解后分装,避免反复冻融情况发生
3.浓度检测
siRNA的平均分子质量MW=13300g/mol,1uM=13.3ng/ul
Buffer中的盐离子会使RNA读值降低,建议使用RNase-free水溶解后检测

 

转染后,细胞宝宝都飘了怎么办?
1.转染4-6h后换液/补液:此时转染过程已基本完成,不会影响转染效率
2.尽量使用无抗生素的培养基:细胞在有抗生素的条件下会变的非常敏感,如必须使用抗生素,建议6h后更换带抗生素的培养基
3.减少siRNA用量:建议在5-100nM终浓度范围内,找到发挥最优基因沉默效果的最少siRNA用量
4.减少转染试剂用量:按比例调整或更换转染试剂类型
5.选取更早的时间点进行基因沉默分析:如选用转染后24h检测替代转染后48h检测
6.确定靶基因敲低是否会影响细胞活性:如会,需考虑其他实验方案

 

检测结果显示沉默效果很差?
在基因沉默实验中,我们更关注siRNA的沉默效果而非转染效率,因为二者并不完全相关。此外,所有的siRNA都只能保证mRNA水平的敲低,无法保证WB水平的敲低,毕竟siRNA是直接作用于mRNA发挥作用。
针对qPCR检测结果不理想的情况,我们建议:
1.确保所用的试剂都是RNase free,保证siRNA没有降解
2.确保siRNA合成纯度,需PAGE/HPLC纯化且做脱盐处理
3.使用搭配的阴阳性对照,确保实验操作准确无误
4.在不影响细胞活力的情况下,适当增加siRNA、转染试剂用量
5.根据转染试剂需求调整细胞密度,因不同转染试剂偏好的细胞密度比例不同
6.多个时间点检测沉默效果:在24-96h范围内,找到最佳检测时间点

 

正确的对照设置也很重要哦~
1.阴性对照:一种与任何已知的哺乳动物基因没有同源性的siRNA序列,可建立反应基线,用于确定表型或基因表达的变化是非特异性的
2.阳性对照:以内源基因(如GAPDH, PPIB等)为靶标的siRNA,确认RNAi实验操作过程的准确性
3.Mock对照:细胞只用转染试剂处理,用于排除转染试剂可能引起的任何非特异性效应
4.空白对照:使用未处理的细胞作为对照,以测量正常的、基础的基因表达水平
5.荧光转染对照:荧光标记无靶标siRNA,借助荧光成像可有效检测siRNA 转染效率,可用荧光显微镜、共聚焦显微镜、流式细胞仪进行检测

 

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