现代免疫检测方法是基于酶联检测，常见与二抗共价结合的酶有辣根过氧化物酶（HRP）和碱性磷酸酶（AP）。结合在二抗上的酶催化特异底物的降解而产生信号。通常使用三种类型的底物：显色、化学发光和化学荧光，也可用荧光基团标记的二抗来检测。

1.显色检测
显色检测法灵敏度通常比化学发光法至少低一个数量级； 沉淀物难以从膜上剥离，限制印迹再次用于其他蛋白的检测； 显色检测无需特殊设备，容易进行。

2.化学发光检测
有着显色检测的速度与安全性，灵敏度高于显色检测； 化学发光底物可兼容再次杂交； 需要特殊设备仪器进行成像。

3.荧光检测
成像时间短，结果可量化，可进行数字化数据储存； 荧光信号可长时间保持稳定； 采用荧光标记二抗的免疫印迹检测需要专业的仪器。