如何用flowjo解决多色数据分析问题

FlowJo软件作为专业流式数据分析软件界的翘楚，具有多种的数据算法，可以从多个角度进行数据的整理和深度挖掘。并且对BD流式细胞仪获取的相关数据进行了深度优化，兼容性和运算速度都得到了极高的提升。

1.  自动调补偿
代入单染管数据拟合补偿矩阵适合保存有单染管的上机文件，适用于单染阴性和阳性分群很明显的情况。

2.  手动调补偿
通过软件强大的Compensation Matrix进行补偿调整（图一）自动生成补偿前后二维散点图的叠加效果，手动画出一对补偿图，将数据补偿前后变化一目了然的进行呈现，让调补偿值更准确（图二）。

3.  FlowAI

通过软件强大算法，将异常数据去除，

让分析结果真实可靠，实验重复性好。

如图所示：

4.  溢出扩散矩阵SSM计算
外周血单核细胞(PBMC) 用CD4 荧光染料评估试剂盒染色。样品在BD FACSymphony A3 上运行，补偿数据用于创建SSM。染色指数和SSM 应根据配置在每个流式细胞仪上生成。

5.  T-SNE降维分析

降维计算能够将多维数据降低成两维展示，数据不仅可以直观地呈现，研究人员也更容易发现样本间的差异和变化。t-SNE算法作为降维算法中的优秀代表被广泛应用在各种降维计算中。

参考文献： Zhang, J. J. and Shen, L. (2019). Immune Cell Landscape of Human Peripheral Blood by 25 Colors Flow Cytometry. Bio-101 e1010325. Doi: 10.21769/BioProtoc.1010325.