【罗工秘籍49】流式里的平均荧光强度： 元芳，你怎么看？

最近碰到很多老师提问：“罗工，文献里提到的流式MFI结果我在哪找到他啊？”

今天罗工就来教大家怎么从flowjo这个软件里找到并统计MFI。

打开flowjo，拖入样本分析模板：

首先，找到待分析的门：

例如：观察NK细胞中CD16的MFI，我这里就应该选中NK cells门，切记不要选择CD16+这个门，很多老师的误区认为应选择CD16+的门，但是选择了CD16+的门得到的MFI就是CD16+的MFI了，而不是NK细胞中CD16的MFI：

其次，右键当前门，选择添加参数：

跳出的界面中，选择添加median，mean，geo mean或者mode，选择通道为CD16：

点击add，这样原门下就会出现相应的统计结果了：

我们再把这个结果代入组分析后进入table editor，就可以进行批量的数据分析了：

到这里，很多老师就会问第二个问题了，罗工文献里的MFI是平均荧光强度，那这里的median，mean，geo mean和mode，谁才是平均荧光强度呢？

其实这些都是平均荧光强度，但是不同的流式结果对应的是不同的选择，怎么选择呢？罗工总结了一下：

当流式结果为线性正态分布时，mean更接近MFI，代表流式实验为细胞周期倍体等线性轴的结果；

当流式结果为对数正态分布时，geo mean更接近MFI，代表流式实验为一些普遍蛋白表达类的结果，例如一些在细胞上全部表达的蛋白指标，当然这种情况相对少一些；

最常见流式结果往往是对数，而非正态分布的，此时通常推荐选择median，Median不受数据形态分布的影响，不需要是正态分布，可以减少异常值对整个数据的影响，是流式里面用的比较多的一个统计值。

至于mode，我们使用的就比较少了，mode往往只是为了统计最高峰，对应流式就是表达最多的细胞所在荧光强度，这种只在很少的情况下才会和MFI重合。

所以总结来说，median胜出更多的场景，在大部分情况下我们选择Median作为MFI的结果。

怎么样，这样一来你会从你的数据中调用MFI了嘛？