WB结果图的展示是非常重要的,无论是在做问题排查,组会汇报,还是发表文章的时候,它都是一个非常重要的窗口,可以展示出你想表达的意思,透露给别人足够的信息。
有的小伙伴实验做的非常完美,但是不会标注和展示,那么你的“观众”自然也领悟不到你表达的意思,就前功尽弃了。就像一道菜,端上来卖相不好,就会掩盖了背后的食材和做法。不会的小伙伴也别着急,小优细节君今天来教大家如何展示一张完美的WB结果图。
首先我们来看几张WB结果图,你能从中得到哪些信息?
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是不是看得直挠头,不知道想要表达什么意思,小优细节君也表示疑惑。在平时收到的咨询中很常见,如只发了一张图,问小优细节君是不是目的条带,哪个是目的条带。此时此刻,只能说出两个字:此时此刻,只能说出两个字:“标注”。
为什么要对结果图进行标注和展示呢?主要有以下几个原因:
01实验解读需要
WB结果不能只通过条带的有无来下结论,特异性也同样需要关注,简单来说就是需要全面的信息才能判断结果是否符合预期。
A:这次总算跑出来了,条带还可以:
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U:不错啊,PGC-1α不太好做,你这次做出来是多少kDa啊?
A:我看看原图啊。奇怪了呢,PGC-1α的理论分子量是91kDa,我这条带才在43kDa上左右,该不会真的加错抗体了吧?那可真是大乌龙!
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U:你看看标注的重要性,实验需谨慎啊~
02投稿发文需要
现在影响因子高的期刊都十分注重WB实验的原始数据,尤其是真实性。对发表的图片数据都有明确的要求,包括未经剪裁的全膜结果,Marker标注,样本信息标注等等。
小优细节君也明白大家做完实验后拖着疲惫的身体修改论文的感觉,那么我们尽量就在第一步就做到完美,尽量减少返工次数。
Nature
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提供未经剪裁的原始结果并做好标注以一一对应文中展示的结果图。
Cell
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提供未经剪裁的原始结果,如未能提供,可能延迟发表或拒稿。
PLOS ONE
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提供未经剪裁的原始结果,结果图中需包含相关对照;拼接重排不同膜的结果时需用垂直黑线清晰标示。
Frontiers
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尽量避免对结果图的裁剪,如果不可避免则提供未经剪裁的原始结果,如未能提供,可能拒稿;利用AI对结果图进行查重,若是重复需标注说明。
03及时整理标注,避免重复使用
为了保持良好的实验习惯,每次实验结束都应该及时保存并整理结果。可以想象一下,当检测的指标很多,如果没有任何标注,只看原始结果图,很难做到一一对应。如果不小心重复使用了,可能会前功尽弃。
04排查实验问题需要
当WB结果与预期不符时,为便于自己或他人协助分析结果。需要提供有效标注的结果图,既能针对性的找出疑问点,又能够减少双方反复确认信息所耗费的时间。
A:WB做不出来,请帮忙看下是什么问题,结果图:
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U:您好!遇到的问题是WB结果无信号对么?请提供抗体信息并在结果图中标注泳道信息和Marker分子量,以便分析处理。
A:是的,结果没有条带。用的是Caspase-3抗体,样本细胞是NIH/3T3。
U:结果看来不是检测全膜,您可以标注Marker分子量大小,我们需要确认一下裁膜区域是否包含Caspase-3的预测结果大小。
A:我是想检测剪切体的,裁膜分子量在33kDa以下。这个是标注好的图。
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U:您用的这支抗体既可以检测全长的 caspase-3 (35 kDa),也可以检测剪切产生的 caspase-3 大片段 (17 kDa、19 kDa)。细胞经staurosporine处理(1uM,3 小时)理论上是可以产生剪切体的。您的裁膜区域不包含35kDa,建议全膜或扩大裁膜范围再检测一次,如果全长条带可以检测到,就需要进一步确认样本细胞的处理是否有效了。
A:好的,我再优化看看!
那么如何标注才能完美的展示WB结果呢?请接着往下看~
关键点1:全膜检测
虽然裁剪可以节省膜的使用,还能多个蛋白在同一块胶上同时检测,但是忽略了很重要的一点,很多时候蛋白会发生意想不到的修饰或者偏移,而裁膜往往依据不太准确的预染Marker,就会导致膜“压”不到条带,得到空白结果。有的时候,裁膜也会掩盖抗体特异性不佳的问题。
所以,我们尽可能要全膜检测蛋白,至少保留3~5个Marker,保证观察到蛋白的全貌。
关键点2:标注marker位置及大小
Marker是WB实验中必须要用到的分子量尺,所以在结果图中需要标注出来Marker的位置以及对应的分子量,以确认检测到的蛋白是否与预期大小一致。
关键点3:标注泳道信息
在对应泳道上方标注上样细胞或组织的具体名称以及造模处理方式,以直观对比各泳道样本的检测结果。
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关键点4:标注检测指标
在结果图旁标注出检测的蛋白名称,同时查看多个不同靶标结果时便于区分。
上图就满足了小优细节君列出的四个关键点,结果是不是就一目了然了呢。通过过表达以及KO,我们可以肯定100kDa附近的条带就是LPPR3。你学会了吗?
参考文献:
Kroon, Cristina et al. “Blind spots on western blots: Assessment of common problems in western blot figures and methods reporting with recommendations to improve them.” PLoS biology vol. 20,9 e3001783. 12 Sep. 2022, doi:10.1371/journal.pbio.3001783
Begum, Habeebunnisa et al. “Western blotting: a powerful staple in scientific and biomedical research.” BioTechniques vol. 73,1 (2022): 58-69. doi:10.2144/btn-2022-0003