将蛋白组学和基因组学研究结合在⼀起进行多维度单细胞信息解读,不仅能够更好地观察细胞之间的异质性,同时也能够更清楚地识别特定细胞及其功能。BD Abseq 与BD RhapsodyTM 高通量单细胞捕获系统结合使用的方式,能够使研究⼈员同时分析数千个单细胞中的RNA和蛋白质,完整揭示出生物学系统中基因和蛋白质的作用。AbSeq是利用特异性抗体核酸偶联结构,将蛋白表达量转化为核酸含量,然后通过高通量测序手段检测蛋白含量。BD Rhapsody™融合了WTA和Abseq两种单细胞检测技术,将蛋白组和转录组的检测过程在单细胞水平很好地进行了融合。细胞经过 BD AbSeq Ab-oligos 标记后,通过 BD Rhapsody™ 微孔沉降技术捕获单细胞全转录组mRNA和Ab-oligo。然后,利用文库扩增试剂对同⼀样本产生平行的RNA和 BD AbSeq 测序文库。经过高通量测序后获得RNA和蛋白表达的数据,并使用特定分析软件SeqGeqTM进行数据分析。
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实验步骤
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案例分享
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通过干细胞分离、体外培养、定向诱导、甚至基因修饰等过程,在体外繁育出全新的、正常的甚至更年轻的细胞、组织或器官,并最终通过细胞组织或器官的⼀致实现对临床疾病的治疗。干细胞种类多,按发育潜能和阶段可以分为不同类型。不同条件会诱导出不同类型、不同干性的干细胞;通过单细胞测序技术,分析细胞转录及蛋白特征,可以准确了解干细胞的表型,也可联合临床结果做关联性分析。
●样本类型:健康人&AML(急性髓系白血病)患者骨髓
●前期准备:流式富集,将CD34阳性造血干细胞、CD34阴性 细胞、CD3阳性T细胞混样测序
●细胞分型:通过转录组+197个/97个蛋白组学的研究,将骨髓内的干细胞分为了56个亚群Covariate: T cell subsets
Antibody Antibody Antibody CD8-AB CD126-AB CD19-AB CD27-AB CD194-AB CD54-AB CD7-AB CD61-AB CD49d-AB CD5-AB CD20-AB CD95-AB CD3-AB CD30-AB CD18-AB CD2-AB CD335-AB CD25-AB CD4-AB CD80-AB CD197-AB CD46-AB CD90-AB CD184-AB CD185-AB CD124-AB CD272-AB CD33-AB CD10-AB TCRgd-AB CD40-AB CD49a-AB CD195-AB CD103-AB CD14-AB CD275-AB CD38-AB CD39-AB CD183-AB Tim3-AB CD278-AB CD154-AB CD21-AB CD127-AB IL.21R-AB CD11c-AB CD34-AB CD137-AB CD123-AB CD206-AB CD223-AB CD152-AB CD98-AB CD273-AB CD133-AB CD155-AB B7.H4-AB CD32-AB CD9-AB CD94-AB CD11b-AB CD13-AB CD314-AB CD141-AB CD336-AB CD45RA-AB IgG-AB CD274-AB CD279-AB CD56-AB CD196-AB CD81-AB CD16-AB CD69-AB CD11a-AB CD49E-AB CD49b-AB CD45-AB CD24-AB CD117-AB CD326-AB CD1c-AB CD1a-AB CD28-AB CD163-AB CD270-AB TCRab-AB CD83-AB CD357-AB CD226-AB CD178-AB CD235a-b-AB CD62L-AB CD134-AB HLA.ABC-AB CD26-AB IgD-AB CD29-AB △点击放大图片
案例解读
UMAP显示来自健康年轻、健康年龄和AML患者的人类骨髓单细胞蛋白质基因组数据(=70,017个单细胞,97个表面标记),整合了=9个样本和数据模式。集群是用颜色编码的。红细胞;进步、祖先。底部:突出显示样本身份的umap。集群注释的详细内容详见补充说明5。整个转录组Abseq数据见补充注释2,扩展数据中有197个表面标记的Abseq实验。