表观遗传学通常被形容为不改变DNA序列的遗传变化。这些变化具体包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑以及经由非编码RNA的信号通路。监控和鉴定表观遗传学信号，可以全面地了解疾病，并开发出适当的生物标志物，用于诊断、治疗干预的靶点。
ChIP可以帮助我们了解
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转录因子
检测特定转录因子在基因组中的结合位置和时间，揭示了转录因子的全基因组调控程序。
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转录机制
检测RNA聚合酶II以及其他转录组分的结合位点，揭示启动子和增强子序列以及转录调控的新机制。
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染色质结构
绘制特定组蛋白修饰的结合位置，了解特定组蛋白残基上的乙酰化或甲基化对基因激活或沉默等的影响，从而预测表观遗传调控在特定基因组区域的特性。
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组合分析
将多种蛋白质的ChIP分析结合起来，构建基因组调控全貌。
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局部表观遗传机制
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全基因组表观遗传程序设计
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动态表观遗传过程