组蛋白和经过修饰的组蛋白是最丰富、也是最广泛研究的ChIP靶点，因为它们经过各种与生物学功能相关联的翻译后修饰。
组蛋白家族包括五种亚型：H1、H2(及其变体)、H3和H4。组蛋白H2、3和4形成核小体的核心结构，而H1是连接蛋白，有助于染色质内核小体的组装。
组蛋白经过不同形式的翻译后修饰(PTM)，致使其与DNA的相互作用受到影响。已发现的不同类型的组蛋白修饰至少有9种(详见图1)。乙酰化、甲基化、磷酸化和泛素化是大家最了解的，而N-乙酰葡萄糖胺糖基化、瓜氨酸化、巴豆酰化和异构化最近才发现，还有待深入研究。每种修饰都是通过一组特定的酶将修饰基团添加到组蛋白氨基酸残基上或从组蛋白氨基酸残基上去除的。
图1. 组蛋白残基和相关的翻译后修饰。改编自 Latham et al, (2007)。
详见:http://www.nature.com/nsmb/journal/v14/n11/f ull/nsmb1307.html
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特定组蛋白和组蛋白修饰的抗体可以揭示
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高级染色质结构的特定位置
高级染色质结构的特定位置，例如H3K9me3标记异染色质和卫星重复序列。
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活跃或沉默基因和遗传程序的特定位置
活跃或沉默基因和遗传程序的特定位置，例如AH3K9ac标记基因激活。
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诸如启动子和增强子等遗传元件的特定位置
诸如启动子和增强子等遗传元件的特定位置，例如基因富集区域的H3K27me3标记启动子、 H3K4me1标记活性增强子。