目标:制备足够量的培养细胞或组织切片/样品
ChIP实验可以使用多种样本类型,如组织、细胞系、FFPE等。每个有贡献的细胞类型可能有着不同的染色质结构,必须考虑样品的均质性。
组织样品包含异质的细胞群体,对ChIP而言更具挑战性。您可以使用冰冻切片或新鲜组织, 切成1-3mm3的切片。ChIP所使用的组织量将取决于组织类型,您的蛋白质靶点的相对丰度,以及您的ChIP抗体的可靠性。一般而言,一颗豌豆大小的组织约含107个细胞,足够作为100个ChIP实验的样品。然而,此数值的准确性取决于组织的相对细胞结构和污染的细胞外基质的量。您应当小心而迅速地处理组织样品,将样品置于冰上,以保证样品的完整性。
实验步骤
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- 2
- 3
- 4
- 5
转移
将重悬于PBS+PIC中的组织转移至Dounce匀浆器;
敲击
敲击20-25次离散组织小片;
检查
用显微镜检查单细胞悬液(可选);
离心
将细胞悬液转移至15ml锥形试管并置于台式离心机中在4℃下以2,000×g离心5分钟;
制备
从细胞移除上清液,紧接着进行胞核制备和染色质消化。