为达到最佳染色质免疫沉淀法结果，每次免疫沉淀法使用大约4×106细胞进行实验(至少需要12×106个细胞以包含阳性和阴性对照)。对于Hela细胞，一次免疫沉淀相当于15cm培养皿所含细胞(在20ml生长培养基中的融合度为90%)的一半。要进行染色质消化和浓度分析，应当处理一份额外样品。因为每种细胞类型都不相同，我们推荐您在实验中准备一盘额外的细胞，通过使用血球仪或细胞计数器确定细胞的数量。
实验步骤
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试剂配方
1）所有缓冲液体积应根据使用的15cm组织培养皿(或20ml悬浮细胞)数量按比例增加。
2）1XPBS含有10mM Na2HPO4、10 mM NaH2PO4、150mM NaCl。
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操作步骤-交联
为让蛋白与DNA交联，每个含有20ml培养基的15cm培养皿添加540μl37%甲醛。
a) 对于悬浮细胞，添加540µl37%甲醛到在20ml培养基中悬浮的细胞中(如要对悬浮细胞进行最佳固定，固定时的细胞密度应少于5×106个细胞/ml)；
b) 短暂旋转混匀并置于室温下孵育10分钟；
c) 甲醛的最终浓度是1%。添加甲醛可能导致培养基颜色发生变化；
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操作步骤-终止交联
每个含20ml培养基的15cm培养皿添加2ml10×甘氨酸，稍微涡旋混合，并在室温下孵育5分钟。添加甘氨酸可能导致培养基颜色发生变化。
a) 对于悬浮细胞：
将细胞转移至50ml锥形试管，置于台式离心机中在4℃下以500×g离心5分钟；
用20ml冰冷的PBS洗涤沉淀物两次。移除上清液，紧接着进行胞核制备和染色质消化。
b) 对于贴壁细胞：
移除培养基和用20ml冰冷的1×PBS洗涤细胞两次，每次都要从培养皿完全移除洗液；
每个15cm培养皿添加2ml冰冷的PBS+PIC；
将细胞刮入冷的缓冲液中；
将所有培养皿的细胞混合放入一个15ml锥形试管。
将细胞置于台式离心机中，在4℃下以2,000×g的速度离心5分钟；
从细胞移除上清液，紧接着进行胞核制备和染色质消化。样本在-80°C条件下最多可保存3个月。