要获得最佳ChIP结果，每次免疫沉淀使用大约5至10μg消化的交联染色质(如第三部分所测定的量)。这应大致相当于用4×106个组织培养细胞制成的单份100µl IP制备物。在添加抗体之前，通常将100μl消化的染色质稀释到400μl 1×ChIP缓冲液中。但是，如果每次IP需要100μl以上的染色质，则交联的染色质制备物不需要按照下述方法进行稀释。可以直接向未稀释的染色质制备物中添加抗体以对染色质复合体进行免疫沉淀测试。
准备
1) 取出并预热200XProtease Inhibitor Cocktail(PIC)。确保PIC完全解冻。
2) 取出并加热10XChIP Buffer并确保SDS完全溶解。
3) 融化消化的染色质制备物并置于冰上。
试剂配方
1) 制备低盐洗液：每次免疫沉淀使用3ml 1×ChIP缓冲液(300μl 10×ChIP Buffer + 2.7ml 水)。在室温下储存直至使用。
2) 制备高盐洗液：每次免疫沉淀使用1ml 1×ChIP Buffer(100μl 10×ChIP Buffer + 900μl 水) + 70μl 5M NaCl。在室温下储存直至使用。
实验步骤
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混合
在一支试管中，制备足够的1×ChIP缓冲液以稀释消化的染色质到进行免疫沉淀所需的数量：每次免疫沉淀使用400μl 1×ChIP Buffer + 2μl 200×PIC。确定免疫沉淀次数时，记得纳入阳性对照样品Histone H3(D2B12)XP®Rabbit mAb和阴性对照样品Normal Rabbit IgG Antibody。将混合物置于冰上；
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加样
每次免疫沉淀时，向制备的1×ChIP Buffer添加100μl(5至10μg染色质)等量消化的交联染色质制备物。例如，要进行10次免疫沉淀，需要准备一支含有4ml 1×ChIP缓冲液 + 20μl 200×PIC + 1ml消化的染色质制备物的试管；
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转移
取出10μl稀释的染色质样品并将其转移至微量离心管。这将作为2%输入样品，可在下次使用前存放在-20℃下；
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免疫沉淀
对于每次免疫沉淀，将500μl稀释的染色质转移至5ml微量离心管并添加免疫沉淀抗体。每次IP需要的抗体量不定而且应当由使用者确定。对于阳性对照Histone H3(D2B12)XP® Rabbit mAb，向IP样品中添加10μl。对于阴性对照Normal Rabbit IgG，添加1μl(1μg)至2μl(2μg)到免疫沉淀样品中。如果使用Cell Signaling Technology的抗体，请参考数据手册或产品网页上列出的推荐稀释比例，并根据Cell Signaling抗体浓度计算IgG抗体的量(µg)作为阴性对照，这样才能公正的比较。将IP样品在4℃下转动孵育4小时至过夜。