富集与目的蛋白结合的DNA是染色质免疫沉淀的目标。DNA水平一般可通过实时定量PCR(qPCR)来测定。在DNA被扩增之前，必须解交联。洗脱和解交联步骤将染色质复合物与抗体和磁珠解离，并将ChIP的DNA与染色质复合物的蛋白质部分分离。如果使用磁珠，利用磁力架和适当的洗脱缓冲液(如碳酸钠缓冲液)可轻松完成洗脱。利用多肽竞争分析也能完成洗脱，其中抗体/蛋白质/DNA复合物与肽段一起孵育，此肽段与抗体的亲和力比您的蛋白质靶点更大，使得抗体复合物中的蛋白质靶点被替换。这种方法能够显著降低背景信号，但也比较昂贵，因为合成肽段的成本较高。
在用碳酸钠等试剂洗脱后，并且在qPCR分析之前，您必须逆转赖氨酸残基和DNA之间的甲醛交联。通常用蛋白酶K孵育和加热的方式进行交联逆转。蛋白酶K常用于DNA或RNA制备过程中以去除蛋白质，此外，蛋白酶K的使用也去除了核酸酶，防止DNA被降解。
准备
1) 取出2×ChIP Elution Buffer #7009并置于37℃水浴中加热，并确保SDS溶解。
2) 将水浴或热混合仪设为65℃。
试剂配方
对于每次免疫沉淀和2%样品输入对照，制备150μl 1×ChIP洗脱缓冲液(75μl 2×ChIP Elution Buffer + 75μl 水)。
实验步骤
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孵育
加入100µl无核酸酶水、6µl 5M NaCl和 2µl RNAse A，涡旋混合，并在37℃下孵育样品30分钟；
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孵育
向每份经RNase A消化的样品添加2μl Proteinase K，涡旋混合并在65℃下孵育样品2小时，这次孵育可以延长过夜；
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结束
立即进入下一步，或者，样本在-20°C条件下最多可保存4天。然而，为了避免形成沉淀物，确保在添加DNA Binding Buffer之前，将样品加热到室温。
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实验TIPS
所有缓冲液的用量都应按照实验中免疫沉淀物的数量成比例的增加。