9.1 PCR

根据待分析样品的数量，标记适宜数量的2ml PCR管。这些样品应当包括2%样品输入对照、阳性对照组蛋白H3样品、阴性对照Normal Rabbit IgG样品，和未加入DNA的试管以排除DNA污染；

向每支管中添加2μl相应的DNA样品；

按下文所述的步骤制备主反应混合物，配置时多配置两个样本的试剂以弥补分管时的体积损耗。向每支反应管中添加18μl主混合物；

启动以下PCR反应程序：

从每支反应管中取出10μl PCR产物，使其与100bp DNA标准品同时进行2%琼脂糖凝胶或10%聚丙烯酰胺凝胶电泳，以进行分析。人RPL30 #7014和小鼠RPL30 #7015的PCR产物预期大小分别是161bp和159bp。

1)      使用带滤嘴的移液器吸头，从而最大限度地减少污染风险。
2)      试剂盒中所含的对照引物专门用于人或小鼠RPL30基因并且可以用于标准PCR或实时荧光定量PCR。如果使用者进行的是另一个物种的 ChIP，则建议使用者针对DNA设计适宜的特异性引物并确定最佳的PCR条件。
3)      建议使用热启动Taq聚合酶以最大限度降低非特异性PCR产物的风险。
4)      PCR引物选择至关重要。应当严格遵循以下标准设计引物：
    a)   引物长度：  24个核苷酸
    b)   最佳 Tm：  60℃
    c)   最佳 GC：  50%
    d)   扩增子尺寸：  150至200bp(标准PCR)；80至160bp(实时荧光定量PCR)