5.1.3 酶解法 染色质消化

向每份IP制备物中添加5μlMicrococcal Nuclease(具体添加的量根据预实验来确定)，通过翻转离心管数次进行混合并且在37℃下孵育20分钟，同时频繁搅拌，以使DNA消化成大约150-900bp的长度，每3至5分钟翻转进行混合；

用5μlMicrococcal Nuclease/4×10⁶个Hela细胞消化的胞核和用0.5μlMicrococcal Nuclease/25mg组织消化的小鼠肝组织产生了适当长度的DNA片段；

向每份IP制备物中添加10μl 0.5M EDTA并将离心管置于冰上1-2分钟以终止消化；

置于微量离心机中，在4℃下以13,000rpm离心1分钟，使胞核沉淀，并移除上清液；

对于每份IP制备物，将胞核沉淀物重悬于100μl 1×ChIP缓冲液 + PIC中并在冰上孵育10分钟；

对于每支5ml微量离心管，用几个脉冲对至多500μl裂解物进行声波处理，以破坏胞核膜，脉冲间隔将样品置于湿冰上孵育30秒；

通过在光学显微镜下观察声波处理前后的胞核，确定完全裂解胞核所需的最佳条件。通过使用设置为6且配有1/8英寸探头的VirTis Virsonic 100 Ultrasonic Homogenizer/Sonicator，Hela胞核在3组20秒脉冲之后完全裂解；或者，可以通过将裂解物置于Dounce匀浆器中搅匀20次，裂解胞核；但是裂解可能不完全；

在4°C下用微量离心机以10,000rpm的离心力离心分离10分钟来使裂解物变澄清；

将上清液转移至新试管。这是交联的染色质制备物，应当置于-80℃下贮存直至进一步使用。取出50μl染色质制备物进行染色质消化和浓度分析。这份50µl的样本可以在-20°C下过夜保存。