目标：将染色质打断成适合ChIP的长度(200–1000bp)
实验步骤
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实验建议
为了分析与蛋白结合的序列，所提取出的基因组DNA必须剪切成更小的片段。理想的染色质片段在200至>1000bp，但DNA剪切是最难控制的步骤之一。 断裂要确保高分子量染色质的蛋白质/DNA复合物是可溶的，能被ChIP抗体接近。选择的断裂方法应取决于您是开展N-ChIP还是X-ChIP。如果您开展N-ChIP，您应当用适当的酶(如微球菌核酸酶)将DNA片段化，因为机械剪切方法会破坏天然的组蛋白/DNA结合。微球菌消化的重复性好，可处理多个样品，但酶活性也可能存在差异。
如果您开展X-ChIP，您可以选择超声破碎或酶促消化，以使您的DNA片段化。超声波处理带来了真正随机的片段，但需要使用专门的仪器，也有一些限制，包括需要优化、在处理过程中难以维持温度。在任一种情况下，必须优化剪切条件，且每次实验严格使用相同的条件，以减少起始染色质变化的可能性。
图：染色质片段的长度应介于200至1000 bp之间
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图：经过超声破碎（第2泳道）或无超声破碎（第1泳道）、蛋白酶消化、交联逆转、提取和沉淀后，已纯化的DNA片段的琼脂糖凝胶电泳分析。我们建议您在每次超声破碎实验后在琼脂糖凝胶上分析DNA。
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