5.2.1 超声法 胞核制备

不像通过酶消化进行的染色质碎裂，超声处理依靠的是机械力来将染色质碎裂成更小的片段。免疫富集的最佳染色质片段大小介于200个至1000个碱基对之间。超声处理是一种用来碎裂染色质的传统方法，可使用传统的探头式超声仪或超声处理更集中的高级水浴超声仪来进行。超声处理能产生真正随机的染色质片段，但需要广泛优化不同细胞系和组织，并且难以在实验之间做到重复；此外，超声过程需要用到较多的去垢剂缓冲液，这会在超声处理期间产生热，这都会有损染色质蛋白上的染色质和抗体表位的完整性。

 

以下实验步骤是基于SimpleChIP^®或SimpleChIP^® Plus试剂盒操作的，如果用的其他品牌试剂盒，可以参考该品牌的说明书进行操作。

 

准备

1)    取出并加热200×Protease Inhibitor Cocktail(PIC)，使用前确保它完全融化。

 

试剂配方

1)    所有缓冲液的用量都应按照实验中IP制备物的数量成比例的增加。

2)    对于每份染色质制备物，配制1ml 1×ChIP Sonication Cell Lysis Buffer(5ml 2×ChIP Sonication Cell Lysis Buffer + 0.5ml 水) + 5µl 200×PIC；

3)    对于每份染色质制备物，配制1ml ChIP Sonication Nuclear Lysis Buffer + 5µl 200×PIC。