5.2.3 超声法 染色质消化

通过预实验或者经验确定了不同超声波仪功率设置和超声处理时长，一般情况下，最佳超声处理条件可产生60-90%小于1kb的染色质片段；较长的交联时间可能会使小于1kb的片段比例降低至30-60%。尽量使用能产生所需染色质片段长度需要的最少超声处理循环次数，这是因为过度超声处理会导致信号减弱或丢失。

对于每份声处理样品，CST建议每1ml ChIP Sonication Nuclear Lysis Buffer使用100-150mg组织或1×10⁷-2×10⁷个细胞，对更多或更浓的细胞进行超声处理会降低染色质碎裂的效率。

使用配有1/8英寸微探头的Branson Digital Sonifier D250探头超声波仪时，应用8分钟的1秒开/1秒闭声处理周期(超声处理时间为4分钟)和50%振幅通常能产生良好的碎裂性能和染色质免疫沉淀效率；

请确保在超声处理时以及各处理步骤之间将含有染色质的试管置于冰水槽中，以便让染色质样品在超声处理期间保持冷却。切勿让探头接触到试管底部或试管壁。如果染色质样品在超声处理期间起泡，则停止超声处理并调整试管位置；

在4°C下用微量离心机以21,000×g的离心力离心分离10分钟来使裂解物变澄清；

将上清液转移至新试管。所得到的就是交联染色质制备物，可以立即用于进行免疫沉淀或保存在-80°C下供后续使用；取出50μl染色质制备物进行染色质消化和浓度分析。