ChIP抗体可直接与琼脂糖或磁珠相结合，也可固定在与蛋白A和/或蛋白G结合的磁珠上。最早的ChIP操作使用琼脂糖珠，琼脂糖微球是用于免疫沉淀的传统珠子，优点是价格便宜，但是样本需离心，时间长，而且珠子在离心过程中可能破裂。琼脂糖珠存在非特异性结合，因此需要“预先清洗”染色质，除去可能与蛋白G琼脂糖非特异性结合的蛋白质或DNA。另外分层不明显，样品容易丢失。
相比较而言，磁珠能够从粗制的染色质混合物中快速分离蛋白质/DNA复合物，不需要离心，样品不容易丢失，洗得更彻底，虽然价格稍微贵一些，但使用更简便，目前已成为主流选择。
磁珠可应用于ChIP测序实验，因为它们不会被DNA所封闭。琼脂糖微珠会被经过超声的鲑鱼精子DNA所封闭而减少背景信号，当进行高通量测序时任何封闭DNA的过载都会影响序列读取。
微珠类型的选择
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微珠类型的选择
蛋白A微珠与兔多克隆抗体表现出最高的亲和力，而蛋白G微珠与更广范围的抗体结合，包括大多数但并非全部种类的小鼠单克隆IgG。蛋白A/G混合物就抗体类型而言提供了最大的灵活性，因为它综合了蛋白A和蛋白G的结合特性。默克密理博的研发团队发现，蛋白A/G混合物通常比单独使用蛋白A或G产生的背景更低，适用于广泛的抗体，而不损害pull down的效率。
无论您选择哪种微珠，您在ChIP反应中使用磁珠或琼脂糖珠的顺序可能影响您的ChIP信号。一种方法是将微珠与捕获抗体共同孵育(室温下几小时，或4°C过夜)，接着加入染色质，继续孵育(4°C震荡孵育1小时至过夜)。增加孵育时间有可能增加背景和ChIP信号；然而，与靶点亲和力低的抗体即使延长(过夜)孵育，也不产生明显的ChIP信号。另一种方法是将抗体与染色质共同孵育，再加入微珠，或同时加入这三个组分。加入三个组分通常奏效，能减少开展整个反应所需的时间。