ChIP抗体可直接与琼脂糖或磁珠相结合，也可固定在与蛋白A和/或蛋白G结合的磁珠上。最早的ChIP操作使用琼脂糖珠，琼脂糖微球是用于免疫沉淀的传统珠子，优点是价格便宜，但是样本需离心，时间长，而且珠子在离心过程中可能破裂。琼脂糖珠存在非特异性结合，因此需要“预先清洗”染色质，除去可能与蛋白G琼脂糖非特异性结合的蛋白质或DNA。另外分层不明显，样品容易丢失。
相比较而言，磁珠能够从粗制的染色质混合物中快速分离蛋白质/DNA复合物，不需要离心，样品不容易丢失，洗得更彻底，虽然价格稍微贵一些，但使用更简便，目前已成为主流选择。
磁珠可应用于ChIP测序实验，因为它们不会被DNA所封闭。琼脂糖微珠会被经过超声的鲑鱼精子DNA所封闭而减少背景信号，当进行高通量测序时任何封闭DNA的过载都会影响序列读取。
实验步骤
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孵育
轻轻涡旋混合，重悬ChIP-Grade Protein G Magnetic Beads。立即向每IP反应中添加30μl Protein G Magnetic Beads并在4°C下转动孵育2小时；
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沉淀
将试管置于Magnetic Separation Rack上，使每次免疫沉淀中的Protein G Magnetic Beads沉淀。等待1至2分钟直到溶液澄清，然后小心地移除上清液；
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孵育
向微珠中添加1ml低盐洗液，对Protein G Magnetic Beads进行洗涤，然后在4°C下转动孵育5分钟；
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重复
再重复步骤2和3两次，以确保总共进行3次低盐洗涤；
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孵育
向微珠中添加1ml高盐洗液并且在4℃下转动孵育5分钟；
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沉淀
将试管置于Magnetic Separation Rack上，使每次免疫沉淀中的Protein G Magnetic Beads沉淀。等待1至2分钟直到溶液澄清，然后小心地移除上清液
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加试剂
向2%样品输入对照管中添加150μl 1×ChIP洗脱缓冲液并置于室温下直至开始进行下一步；
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加试剂
向每份IP样品中添加150μl 1×ChIP洗脱缓冲液；
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洗脱
在65℃下将染色质从抗体/Protein G Magnetic Beads洗脱30分钟，同时轻轻涡旋混合(1,200转/分钟)。对于这个步骤，热混合仪效果最佳；或者，可以在室温下转动洗脱，但是可能不会完全洗脱；
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转移
将样品置于磁性分离架，等1-2分钟溶液澄清后，取出上清液转移至新试管，可直接进入解交联步骤，或者将样品保存至-20℃。