ChIP抗体可直接与琼脂糖或磁珠相结合，也可固定在与蛋白A和/或蛋白G结合的磁珠上。最早的ChIP操作使用琼脂糖珠，琼脂糖微球是用于免疫沉淀的传统珠子，优点是价格便宜，但是样本需离心，时间长，而且珠子在离心过程中可能破裂。琼脂糖珠存在非特异性结合，因此需要“预先清洗”染色质，除去可能与蛋白G琼脂糖非特异性结合的蛋白质或DNA。另外分层不明显，样品容易丢失。
相比较而言，磁珠能够从粗制的染色质混合物中快速分离蛋白质/DNA复合物，不需要离心，样品不容易丢失，洗得更彻底，虽然价格稍微贵一些，但使用更简便，目前已成为主流选择。
磁珠可应用于ChIP测序实验，因为它们不会被DNA所封闭。琼脂糖微珠会被经过超声的鲑鱼精子DNA所封闭而减少背景信号，当进行高通量测序时任何封闭DNA的过载都会影响序列读取。
共沉淀实验TIPS
- 1
-
实验TIPS：
1）所有缓冲液的用量都应按照实验中免疫沉淀物的数量成比例的增加。
2）对于大部分Cell Signaling Technology抗体，添加1和2ug到每份IP样品中效果最佳。当存在多份不同浓度的样品时，最好使阴性对照Normal Rabbit IgG与最高抗体浓度相匹配。
3）ChIP-Grade Protein G Agarose Beads使用经超声处理的鲑精DNA封闭，故不可用于ChIP-Seq实验。