10.1 数据分析

导入→Illumina→检查配对读取→选择 FASTQ 文件

Toolbox →QIAGEN 16S Panel Analysis→Demultiplex Reads by Barcode→如果解复用多个样本，检查 Batch→ Select FASTQ files →在元数据表中，选择条形码所有文件；在条形码中，选择条形码→选中保存

工具箱→微生物基因组学模块→宏基因组学→基于扩增子的 OTU 聚类→工作流程 →数据 QC 和 OTU 聚类→如果使用筛选面板或多个区域面板，请为所有样本选择相同的区域（即样本 1-24：V1V2）→质量限制= 0.05（默认）→ OTU 拣货 = 基于参考的 OTU →选择 OTU 数据库

如果适用，请为每个区域重复。
在 OTU 聚类分析之后，如果需要，可以将 OTU 表合并为一张表。
工具箱®微生物基因组学模块®宏基因组学®丰度分析®合并丰度表

工具箱 → 微生物基因组学模块 → 宏基因组学 → 基于扩增子的 OTU 聚类 → 工作流程 → 数据 QC 和 OTU 聚类 → 选择多路分解的 FASTQ 文件。为每个样品选择 ITS 区域（即样品 1-24，ITS 区域）→ 质量限制 =0.05（默认）→ OTU 拾取 = 基于参考的 OTU → 选择 UNITE → 检查保存

要确定哪个区域包含最多的 OTU 序列，因此可能具有最高的多样性，请检查每个区域分析的 OTU 报告中的“总预测 OTU”。
或者，使用步骤 3 中的合并丰度表（在表视图中），选择“聚合样本”下的区域。然后选择包含在目标分类级别（即科、属或种）上大于 5-10 个读数的特征数量最多的区域。此外，可以测量 alpha 多样性以确定哪个区域表现出最高的多样性。

如需更深入的分析，请参阅 CLC 微生物基因组学模块用户手册。