如下操作步骤以产品货号333180的步骤为例,产品列表详见右下方推荐产品
实验步骤
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开始前的要点
使用此方案需要 QIAseq Stranded mRNA Select Kit(货号 180773 或 180775),可在QIAGEN官网下载查看。
重要提示:去除珠蛋白时,需要执行 2 个额外的 CleanStart Library Amplification 循环。
请参阅 QIAseq Stranded mRNA Library Kit 手册,网址为www.qiagen.com/HB-2464mRNA 富集
从 QIAseq Stranded mRNA Library Kit Handbook 中,使用推荐的总 RNA 输入量(100 ng - 1 µg)执行“协议:mRNA 富集”。最终在 27 µl 中洗脱富集的 mRNA。
准备 RNA 片段化和 QIAseq FastSelect -Globin 去除所需的试剂
2a.在室温下解冻来自 QIAseq Stranded 试剂盒的 5x RT 缓冲液、无核酸酶水和来自 QIAseq FastSelect 试剂盒的 QIAseq FastSelect −Globin 管。
2b.通过涡旋混合,然后短暂离心。短暂离心
在冰上,根据表 5。短暂离心,上下吹打混合 10 次,然后再次短暂离心。
注意:如果设置多个反应,请准备比反应总数所需量大 10% 的 Master Mix。表 5. 片段化/RNA 去除反应的设置
零件 体积/反应 mRNA 富集反应(已在试管中) 27µl RT 缓冲液,5x* 8 µl QIAseq FastSelect −珠蛋白 1 µl ERCC控制† 可选 无核酸酶水 1 µl 总容积 37µl *来自 QIAseq Stranded Total RNA Lib Kit。
ERCC Control RNA 可根据制造商指定的浓度添加。如果添加,用 ERCC 替换无核酸酶水 (1 µl)。如中所述孵育表 6,根据您输入的 RNA 质量和所需的插入片段大小
表 6. 组合的 QIAseq 链式碎片和 FastSelect 杂交协议
输入 RNA 质量 步 插入大小 ~150−250 bp 插入大小 ~350 bp 高品质 (RIN >9) 1* 95°C 15 分钟 95°C 下 3 分钟 中等质量(RIN 5-6) 1* 95°C 10 分钟 95°C 下 3 分钟 FFPE 或降解样品 (RIN <3) 1* 无碎片† 无碎片† 无论输入 RNA 质量如何,都会执行步骤 2-9。无论 RNA 是高质量、中等质量、FFPE 还是降解,都需要执行它们。 2 75°C 下 2 分钟 75°C 下 2 分钟 3 70°C 下 2 分钟 70°C 下 2 分钟 4 65°C 下 2 分钟 65°C 下 2 分钟 5 60°C 下 2 分钟 60°C 下 2 分钟 6 55°C 下 2 分钟 55°C 下 2 分钟 7 37°C 下 2 分钟 37°C 下 2 分钟 8 2 分钟,25°C 2 分钟,25°C 9 保持在 4°C 保持在 4°C *根据输入的 RNA 质量和所需的插入大小,为第 1 步选择一个选项。
也适用于大小在 80-500 bp 之间的外泌体 RNA 或其他来源的 RNA。
重要提示:无论步骤 1 中选择的时间和温度如何,都必须执行步骤 2-9。请参阅 QIAseq Stranded mRNA Library Kit 手册并立即进入“协议:第一链合成”
按照 QIAseq Stranded mRNA Library Kit 手册执行所有剩余的文库构建步骤
重要
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去除珠蛋白时,需要执行 2 个额外的 CleanStart 文库扩增循环。