逆转录(reverse transcription)是以RNA为模板合成DNA的过程,即RNA指导下的DNA合成。此过程中,核酸合成与转录(DNA到RNA)过程与遗传信息的流动方向(RNA到DNA)相反,故称为逆转录。利用真核生物mRNA3端有poly A的特征,可以通过与poly A互补的oligo DT作为引物,在反转录酶的作用下,合成cDNA。
*RNA二级结构可以通过多种方式影响RT-PCR。具有复杂二级结构的RNA区域可导致逆转录酶停止或从RNA模板解离。缺失下游引物结合位点的cDNA在PCR过程中不被扩增。或者,逆转录酶可以跳过RNA的环外区域,然后将其从合成的cDNA中排除。在PCR步骤中,这些具有内部缺失的cDNA被扩增并表现为缩短的PCR产物。理想情况下,逆转录酶不应受到RNA二级结构的影响,并且应能够逆转录任何模板,而不需要反应优化。
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以abs601510为例:
实验步骤
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去除RNA中基因组DNA残留
去除RNA中基因组DNA残留:
组分 体积 RNA模板* ≤1ug total RNA 或≤0.1ug poly(A)mRNA 5×gDNA remover buffer 2ul gDNA remover 1ul Nuclease-free Water(DEPC-treated) 补足至10ul 混匀,并短暂离心,反应条件为37℃,5min。
* 采用自备的序列特异性引物时,RNA模板的量可调整为“≤5ug total RNA 或≤0.5ug poly(A)mRNA”;
在上述的反应管中,直接添加如下的反转录反应所需组分,进行第一链cDNA的合成步骤
组分 体积 上述产物 10ul 5xBuffer(with primer) 4ul Enzyme mix 1ul Nuclease-free Water(DEPC-treated) 补足至20ul 混匀
轻轻混匀,短暂离心;42℃孵育15-50min。
注意:复杂模板逆转录温度可升高至50℃,提高反转录效率。反应时间可根据实验应用场景做适当调整。如合成的cDNA用作qPCR模板,则反映条件为42℃孵育15min;
加热
85℃加热5min失活Enzyme mix;
冷冻保存
反应结束后所得的cDNA,请置于冰上进行后续实验或冷冻保存。