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Taq DNA聚合酶在扩增长度超过4kb的PCR产物时通常会失败，原因包括非特异性引物退火、DNA模板中的二级结构和次优循环条件——所有这些因素对较长的PCR产物的扩增比对较短的PCR产物有更大的影响。
在长程PCR中，防止DNA损失特别重要，因为模板内的单个DNA损伤足以使PCR酶停滞。
PCR循环过程中的DNA损伤可以通过稳定反应pH的特定缓冲物质最小化。
商业PCR试剂盒是专门为克服长程PCR的挑战而设计的，例如，通过使用Taq DNA聚合酶和校对酶的优化混合物，建议在可能的情况下使用这种试剂盒。QIAGEN的UltraRun LongRange PCR系列扩增产物可达25-30kb，适用于长基因组片段或长转录组片段的扩增。
本流程以UltraRun LongRange PCR Kit为例(货号：206442)：
实验步骤
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准备样本
使用前从-20℃冰箱取出，解冻并使其均匀;
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按照下表配置反应体系
组分 体积 终浓度 UltraRun Long Range PCR Master Mix, 4x 5μl 1x 20x Primer Mix* 1μl 0.5μM for each primer PCR water Variable – Optional: Master Mix Tracer,125x 0.04μl 1x Optional: Q-Solution† ,5x 4μl 1x Template DNA (added at step 4) Variable 0.01ng – 1μg/reaction Total reaction volume 20µl‡ ※在每个PCR管中加入模板DNA(每个反应1μg-10pg，取决于目标丰度和样品类型)。基因组DNA、cDNA、质粒DNA、寡核苷酸和其他DNA均可作为模板。
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设置PCR程序
充分混合涡旋加入PCR管或PCR板中，将其放入PCR仪中，按照下表设置程序；
流程 温度 时间 启动 93℃ 3min 变性 93℃ 30s ＜35循环 延伸 65℃ 30s/kb 终延伸 72℃ 10min -
结果检测
取2μL反应液电泳观察结果。