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5.7 一步法RT-PCR

| 6.1 制备凝胶

要使用RNA作为起始模板进行PCR,必须首先在逆转录(RT)反应中将RNA逆转录为cDNARTPCR可以在同一管中依次进行(一步RT-PCR)或分别进行(两步RT-PCR)。步骤货号:210212:

实验步骤

  • 1
  • 2
  • 3
  • 4
  • 5
  • 6
  • 1

    混合样本和试剂

    将模板RNA,引物,dNTP混合液,5× QIAGEN OneStep RT-PCR Buffer,无RNA酶水以及 5×Q-Solution(可选)解冻并置于冰上。使用前混合均匀;

  • 2

    根据下表准备反应混合液

    此混合液包含了除模板RNA外所有反应需要的成分。在准备反应混合液时为了应对移液枪吸头黏附液体的误差,请在总量基础上再多准备10%

    组分

    体积/反应

    终浓度

    反应混合液

    QIAGEN OneStep RT-PCR Buffer,5×

     

    10 μl

     

    1×; 2.5 mM Mg2+

    dNTP混合液(每种10 mM)

    2 μl

    每种dNTP 400 μM

    引物A

    可变

    0.6 μM

    引物B

    可变

    0.6 μM

    无RNA酶水

    可变

    -

    QIAGEN OneStep RT-PCR Enzyme Mix

    2 μl

     

    可选:5× Q-Solution*

    10 μl

    可选:RNA酶抑制剂(需自备)

    可变

    每反应5-10单位

    模板RNA

    可变

     

    总反应体积

    50 μl

    每反应1pg -2μg

    注:每个实验都必须包括一个阴性对照(不加模板RNA)

    *富含GC或有复杂二级结构模板用

  • 3

    混匀反应液体,并分装

    轻轻吹打反应混合液数次以彻底混匀,将适当体积的反应液分装至PCR反应管;

  • 4

    模板RNA(每个反应不要超过2μg)

    本试剂盒适用于总RNA,信使RNA(mRNA)以及病毒RNA等;

  • 5

    按下表条件设置热循环仪

    这个流程中反转录和PCR反应条件在大部分反应中都能得到满意的结果。如果希望得到最大的PCR产量及特异性,针对每个新的模板—引物体系都应该对温度和循环次数进行优化;

    步骤

    时间

    温度

    注释

    反转录反应

    30min

    50 °C

    如果50 °C反应结果不佳,可提高反应温度,最高不超过60 °C

    PCR初始激活

    15min

    95°C

    此热激活步骤可激活热启动Taq DNA聚合酶,并使反转录酶失活,同时也能使cDNA模板变性。

    三步法循环变性

    0.5-1min

    94°C

    勿超过此温度

    退火

    0.5-1min

    50-68°C

    大约比引物Tm低5°C

    延伸

    1min

    72 °C

    对于长度为1-2 kb的RT-PCR产物可将延伸时间增加30-60 s

    循环次数

    25-40

     

    最佳循环数取决于模板RNA的丰度

    最后延伸

    10min

    72 °C

     

  • 6

    设置热循环程序

    开始运行设定好的热循环程序,待热循环仪达到50°C后将PCR管从冰上转移到热循环仪内。

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