名词解释
Input组：即未经IP的细胞裂解物，判断目标蛋白表达情况和富集相对程度。
阴性对照组：与一抗相同来源的阴性对照抗体，作为蛋白与IgG结合的背景信号。
阳性对照组：已知有相互作用的两个蛋白作为阳性对照。
实验步骤
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案例一
目的：用Anti-Y免疫沉淀Y蛋白，IP后WB用Anti-X验证X与Y是否有相互作用
Input：细胞裂解液
阴性对照：IgG
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结果：
Input泳道有X、Y的条带，说明细胞中X和Y蛋白表达成功
IgG为阴性对照，泳道无条带
Anti-X泳道，用X的抗体检测IP后的复合物，说明Y能富集X蛋白
综上，X与Y有相互作用 -
案例二
目的：研究β-catenin和FBXW2的互作
Input：全细胞裂解液(WCE)
IP：HA，表明是用HA标记的蛋白作为诱饵蛋白，使用HA抗体（anti-HA）作为诱饵蛋白抗体进行IP实验
阴性对照：Vector
阳性对照：已知β-TrCP1与β-catenin有相互作用，用β-TrCP1做阳性对照
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样本描述：本轮实验有5组样本，从左至右分别标注为1-5
样本1：表达β-catenin-WT，带Flag标签以及空载
样本2：表达β-catenin-WT，带Flag标签，同时表达FBXW2，带HA标签
样本3：表达β-catenin-WT，带Flag标签，同时表达β-TrCP1，带HA标签
样本4：表达β-catenin-WT，带Flag标签，同时表达FBXW7，带HA标签
样本5：表达β-catenin-WT，带Flag标签，同时表达SKP2，带HA标签
WB结果
全细胞裂解液(WCE)
样本1：Flag-β-catenin-WT表达成功，其他蛋白不表达
样本2：Flag-β-catenin-WT及HA-FBXW2表达成功
样本3：Flag-β-catenin-WT及HA-β-TrCP1表达成功
样本4：Flag-β-catenin-WT及HA-FBXW7表达成功
样本5：Flag-β-catenin-WT及HA-SKP2表达成功
IP: HA的WB结果
（使用HA抗体作为诱饵蛋白抗体进行IP实验，对IP产物做WB）
用HA抗体做WB，5个样本均有条带
用Flag-β-catenin做WB，只有样本2、3有条带，说明样本2、3的IP产物里有Flag-β-catenin蛋白。
综上，β-catenin与FBXW2和β-TrCP1有相互作用