逻辑设门方案
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生物学背景
小鼠肿瘤样本的8色淋系分型
调节性T细胞(Regulatory cells,简称Tregs )是一类控制体内自身免疫反应性的T细胞亚群，早期亦称做suppressor T cells。调节性T细胞可分为天然产生的自然调节性T细胞（n T-regs）和诱导产生的适应性调节性T细胞(a T-regs或i T-regs)，如Th3、Tr1，另外尚有CD8 Treg、NKT细胞等，与自身免疫性疾病的发生关系密切，其异常表达可导致自身免疫性疾病。其中Tr1细胞分泌IL-10；Th3细胞分泌TGF-β。
实验步骤
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Panel Design&抗体用量&克隆号选择
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逻辑设门图&数据结果说明
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常规流式数据分析通过FSC-H/A圈取单细胞去除粘连体；通过FSC/LD圈取live cells；在live cells中通过SSC/CD45圈取免疫细胞，进一步通过淋巴细胞CD45 high/SSC low的特点圈取淋巴细胞；在淋巴细胞中，通过CD3/NK1.1圈取T细胞门和NK细胞门；在T细胞门内通过CD4/CD8圈取CTLs和Th；在Th门中通过CD25/FOXP3圈取Tregs。
T-sne流式数据分析展示：
通过对CD45+细胞进行T-sne降维分析，生成如下流式结果，对比S1和S3两个样本的差异性一目了然：
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通过对CD45+细胞进行T-sne降维分析，生成如下流式结果，代入常规数据圈门，可以单图展示单个样本内DC,MSDC,Macrophages三类细胞之间的比例关系和内在联系，大幅度集成数据的可视化和信息量：
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通过对CD45+的细胞进行flowsom聚类分析，自动化生成多个细胞亚群，对进一步挖掘微小亚群，探讨亚群之间的相关性进行提示和展现：
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利用ClusterExplorer插件将x-shift聚类分析的细胞进行指标热力图展示，结合T-sne数据有利的展示出多个细胞亚群之间的关系和具体特征：
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