逻辑设门方案
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生物学背景
小鼠脾脏样本的12色髓系分型
髓系细胞来自于骨髓中常见的髓系祖细胞 (CMP)。这种谱系包括单核细胞、粒细胞、红细胞和血小板，是天然免疫系统的主要组成部分，作为抗感染的第一道防线。其中，嗜酸性粒细胞通过释放主要的碱性蛋白和核糖核酸酶，对抗寄生虫和病毒性感染。中性粒细胞是最富集的粒细胞，通过吞噬来攻击和消除侵入的微生物。巨噬细胞能够识别外来抗原和受损细胞，通过吞噬立即破坏它们，吞噬还可能导致抗原呈递和其他免疫细胞激活。树突细胞通过吞噬细胞和外来物质，加工后将其作为抗原呈递给 T 细胞，主要负责在天然和适应性免疫系统之间传递关于病原体的信息
作者：Seurat_Satija 链接： https://www.jianshu.com/p/30591c150bf6
版权归原作者所有
panel&结果展示
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实验信息
样本类型
Mouse spleen
方案类型
Multicolor panel
实验方案
Tumor isolation
Surface marker staining
使用的仪器
3-laser,12-color(5 violet/4 blue/3 red)BD FACSCelesta Flow Cytometer
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配色方案
激光 标志物 荧光染料 克隆 体积/测试 货号 Blue 488 nm IA/IE BB515 2G9 5 ul 565254 LY-6G PE 1A8 5 ul 551461 CD11C PE-CY7 HL3 5 ul 558079 CD80 Percp-cy5.5 16-10A1 5 ul 560526 Red 640 nm CD206 AF647 MR5D3 5 ul 565250 CD45 APC-CY7 30-F11 5 ul 557659 CD11B AF700 M1/70 5 ul 557960 L/D BV510 / 5 ul 564406 Violet 405nm Siglec-F BV650 E50-2440 5 ul 740557 LY-6C BV605 AL-21 5 ul 563011 CD86 BV786 PO3 5 ul 740900 F4/80 BV421 T45-2342 5 ul 565411 -
逻辑设门图&数据结果说明
图a. t-SNE
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图b. Flowsom
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图c. Heatmap
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图d. Violin Box
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使用12色的多色方案对小鼠脾脏中巨噬细胞、粒细胞、树突状细胞进行研究
来自C57小鼠的脾脏进行代表性分析。首先根据光散射特性去黏连得到单细胞，再利用FVS死活染料圈出活细胞。通过CD45+CD11b+细胞门鉴定髓系细胞总群，通过Ly-6G和 Siglec-F圈出中性粒细胞和嗜酸性粒细胞。通过Ly-6C和F4/80圈出巨噬细胞，CD11C和IA/IE圈出DC细胞。在3激光12色BD Celesta流式细胞仪上采集样本。使用Flowjo v10软件进行数据分析。脑图和热图等使用Flowjo v10软件上的T-SNE、FlowSOM以及Violin插件创建。