逻辑设门方案
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生物学背景
Human blood样本的10色淋系分型淋巴细胞（lymphocyte）是白细胞的一种，主要包括T、B淋巴细胞和NK细胞，是机体免疫应答功能的重要细胞成分，淋巴细胞的异常改变与各种临床疾病，如自体免疫性疾病、免疫缺陷、类风湿性关节炎、自身免疫性溶血性贫血、再生障碍性贫血、病毒感染疾病、恶性肿瘤等密切相关。这些指标的检测对监测机体的免疫功能，控制疾病发生发展，了解疾病的机制，指导临床治疗具有极其重要的意义。例如，体液免疫受到抑制时，CD19+B细胞减少；免疫缺陷时CD4+,CD8+T减少；部分病毒入侵机体时，CD8+T增多；NK细胞参与抗肿瘤、寄生虫、病毒感染的免疫
panel&结果展示
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实验信息
样本类型
Human blood
方案类型
Multicolor panel
实验方案
Blood isolation surface and intracellular marker staining
使用的仪器
3-laser,12-color(5 violet/4 blue/3 red)BD FACSCelesta Flow Cytometer
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配色方案
激光 标志物 荧光染料 克隆 体积/测试 货号 Violet 405nm L/D BV510 / 2ul 564406 CD3 BV786 SK7 5ul 563799 CD4 BV421 RPA-T4 5ul 562424 CD8 BV650 RPA-T8 5ul 563821 CD25 BV605 2A3 5ul 562660 Blue 488nm CD19 FITC HIB19 5ul 555412 CD56 PerCP-Cy5.5 B159 5ul 560842 TIM-3 PE 7D3 5ul 563422 Red 640nm CD45 APC-CY7 2D1 5ul 557833 Foxp3 AF647 259D/C7 5ul 560045 -
逻辑设门图&数据结果说明
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使用10色的多色方案对Human Blood 淋系中T、B、NK细胞进行特性研究
来自Human Blood进行代表性分析。首先根据光散射特性去黏连得到单细胞，再利用FSC-A和SSC-A圈中目的细胞。通过FVS死活染料圈出活细胞，通过CD3+鉴定T细胞。通过CD4+/CD8+确定CD4+辅助T细胞和CD8+细胞毒性T细胞；再进行CD3-非T细胞圈门，通过CD19+/SSC-A识别B细胞，CD56+/SSC-A识别NK细胞。在3激光12色BD Celesta流式细胞仪上采集样本。使用Flowjo v10软件进行数据分析。脑图和热图等使用Flowjo v10软件上的T-SNE、FlowSOM以及ClusterExplorer插件创建。
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通过对contact进行T-sne降维分析，生成如上流式结果图，代入常规数据圈门，可以显示样本内T细胞，B细胞，NK细胞等之间的比例关系和内在联系，大幅度集成数据的可视化和信息量。
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通过对contact进行T-sne降维分析，生成如上流式结果图，利用热力图展示不同的biomarker的表达情况以及其具体的内在联系，在可视化和信息集成化上更有优势，关键细胞靶点的表达情况也一目了然。
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利用ClusterExplorer插件将X-shift聚类分析的细胞进行指标热力图展示。
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利用对Live细胞进行Flowsom聚类分析，自动生成多个细胞亚群，对进一步挖掘微小亚群，探索亚群之间的相关性进行提示和展现