细胞培养过程中会面临的一个严重问题就是细胞污染，细胞污染会影响细胞的状态，对我们下游的实验造成影响，严重的会造成细胞死亡，因此污染检测是十分必要的。常见的生物污染包括：细菌污染、真菌污染、酵母污染、支原体感染、黑胶虫污染、病毒污染、细胞交叉污染等。此外也要注意化学污染物对细胞的污染，如培养基、血清、水中的杂质、内毒素、增塑剂和去污剂等。
污染类型介绍
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细菌污染
1)细菌分为球状、杆状和螺旋状；
2)污染速度快，易被发现。培养物混浊，有时表面有一层菌膜；
3)培养基变黄，pH值下降；
4)在低倍显微镜下，细胞间有缓慢移动的、黑暗的、圆形或杆状的微小颗粒，明显小于动物细胞。
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真菌污染检测
1)污染培养细胞的真菌种类很多，常见的主要有：烟曲霉、黑曲霉、毛霉、白色念球菌、酵母菌等；
2)真菌污染一般肉眼可见，短期内培养液大多不发生浑浊，但形成白色或浅黄色漂浮物；
3)培养物的pH值在污染的初期往往保持稳定，短期内不会引起培养基的浑浊，随着培养物受到更严重污染变得混浊；
4)在低倍显微镜下，菌丝体通常呈细丝状或者树枝状，有时呈密集的孢子团；
5)污染后期肉眼可见培养物中有棒状或分枝丝状菌体，一般呈白色、淡黄色或黑色。
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支原体感染检测
支原体是一类缺乏细胞壁的细胞，呈高度多形性，细胞培养中被支原体污染是比较常见的问题，因为污染来源太多，包括工作环境、操作者、血清、实验器材等，鉴定的方法如下：
1)相差显微镜观察。其中可以采用直接观察或地衣红染色观察，直接观察时，位于细胞表面和细胞之间的暗色微小颗粒为支原体，但要与线粒体区分；
2)荧光染色法。将细胞接种于盖玻片上，在细胞未长满前取出玻片，用不含酚红的Hank's液漂洗后，再用1:3醋酸甲醇固定10min，然后用生理盐水漂洗，置于用生理盐水配制的Hoechst 33258(浓度为50μL/mL)中染色10min，荧光染料将支原体内的DNA着色，染色后用蒸馏水洗1~2min，滴加pH5.5磷酸缓冲液数滴，然后置荧光显微镜下观察。镜下散于细胞周围或附于细胞膜表面的亮绿色小点为支原体；
3)电镜检查。制备电镜标本，用扫描电镜或透射电镜观察；
4)DNA分子杂交检查。按试剂盒说明进行，检出率高，但方法较复杂；
5)使用支原体PCR检测试剂盒进行检测，可按说明书检测支原体污染。
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黑胶虫污染检测
1)细胞生长状态良好，培养液清亮不浑浊，一般对细胞影响不大；
2)高背景下可见游动的黑色小颗粒；
3)同批血清会有类似现象；
4)细胞生长旺盛可自行消失，除换血清外可不做处理。
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细胞交叉污染检测
1)形态学鉴定。形态观察是辨认细胞最简单和最直接的方法，但我们也应意识到它有一定的不足，因为其中多数细胞形态与不同培养环境对细胞形态的可塑性有关。例如,在单层汇合状态心部位生长的上皮细胞，一般形态规则，呈多角形，而且边缘清晰明确，而生长在小片边缘同样的细胞，形态就不规则，呈伸开状；如果发生转化，就会从小片上脱离，变为成纤维细胞样的形态；
2)种属鉴定。染色体分析是区分物种的最佳方法，同工酶电泳也是一种较好的诊断检测方法，而且比染色体分析快，但需要合适的仪器和试剂；
3)谱系或组织标记。如细胞表面抗原、中间纤维蛋白、酶类、分化产物，根据以上物质的差异，运用流式细胞术等技术，鉴定是否发生细胞交叉污染。
4)STR分型。