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JC-1是一种阳离子染料，可以在线粒体内聚集，低浓度时主要以单体存在，发射光以绿光为主，而在高浓度时则可以形成多聚体，发射光以红光为主。当线粒体状态良好时对JC-1摄取量少，因而在线粒体内主要以单体的形成存在，绿光强度/红光强度的比值较高。在线粒体发生去极化时，线粒体内JC-1的浓度较高，多以多聚体的形式存在，绿光强度/红光强度的比值降低。
实验步骤
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配置JC-1染液
将成品JC-1以DMSO配成储存液(1～5mg/mL)，储存于-20℃，用时以培养液稀释至10μg/mL终浓度；
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浸染细胞
贴壁细胞可以直接弃去培养液，漂洗细胞后直接加入染色液，10-30min后在荧光显微镜下或者激光共聚焦下观察；
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检测
线粒体状态好时细胞以绿色为主，当红光信号增强时，红绿相叠，以橙色为主。该染色运用于悬浮细胞时还可以通过流式细胞仪进行检测，收集红/绿信号强度，计算其强度比。