一般认为Caspase3是细胞凋亡过程中最主要的终末剪切酶，是凋亡的关键执行者，也是CTL细胞杀伤机制的重要组成部分，因为它对许多关键的蛋白起着裂解作用，比如核酶多聚聚合酶(PARP) 。caspase3的激活需要经过其未活化的酶原形式转变为活化的p17和p12片段的蛋白水解过程。
cleaved-caspase3最常见的问题是在WB检测过程中没有条带，前面我们也提到，凋亡或者其他刺激是诱导caspase3发生剪切的关键因素。所以，第一步我们一定要确保样本得到合适的刺激处理。如果细胞发生凋亡，可以从形态学、细胞功能、生化指标等方面进行检测。如果检测不到caspase3剪切体，可以从下面方法进一步验证样本的凋亡程度。若其他实验方法同样检测不到，我们可能需要考虑样本造模，刺激方式是否合适了。
若其他实验方法可以明确观察到样本的凋亡，我们需要从WB过程中排查原因:
| 凋亡 | 检测方法 |
| 形态学 | 电镜，PI，Hochest染色 |
| 细胞功能 | Annexin V-PI染色，Cyto C释放，线粒体电位 |
| 生化指标 | Caspase3，PARP，DNA ladder |
Caspase 3
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cleaved-caspase 3可能会进入核内
cleaved-caspase 3可能会进入核内，制样时需要使用强裂解液，配合超声处理，增加目的蛋白的溶出度
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上样量是否足够
上样量是否足够，推荐20ug以上
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cleaved-caspase 3分子量较小
cleaved-caspase 3分子量较小，注意转膜时间不要太久，避免转过
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一抗是否可以检测到剪切体
一抗是否可以检测到剪切体(注意抗体免疫原和特异性)，一抗浓度和孵育时间是否可以优化
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ECL是否足够灵敏
ECL是否足够灵敏
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使用已知凋亡样本对照
使用已知明确凋亡的样本作为阳性对照