蛋白质天然折叠成各种形状，影响其在分离介质(如凝胶)中的迁移率。
变性蛋白质可抵消这些结构效应，并准确反映蛋白质的质量/ 电荷比的分离。
为使蛋白质变性，凝胶电泳中通常会加入洗涤剂十二烷基硫酸钠(SDS)。
SDS被简单地添加到样品中，并且是凝胶和流动缓冲液的组成部分。
1.4克SDS将与每克蛋白质结合，因此蛋白质上的任何固有电荷被带负电荷的洗涤剂胶束包覆。
变性凝胶可以在非还原条件下运行(没有样品煮沸和没有添加还原剂)，重要的是保持蛋白质的天然结构进行进一步分析。
或者，变性凝胶可以在还原条件下运行，其中还原剂如二硫代苏糖醇(DTT)或β-巯基乙醇被添加到样品缓冲液中并加热。
这些试剂通过切割半胱氨酸残基之间的二硫键来破坏蛋白质的四级结构和三级结构，产生多肽的线性链。以这种方式处理的蛋白质以其分子量对数线性函数的速率迁移。
变性胶SDS-PAGE与其他两种电泳方法的区别是：
1、胶中需要加入SDS等变性剂，样品也需经过煮沸变性等处理，使蛋白变性、亚基解离，无法体现含有亚基的蛋白的真实分子量，也不能进行后续的蛋白活性检测;
2、条带区分开主要是靠分子量大小。
试剂配方和转膜参考时间如下
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1M Tris-HCl (PH6.8)，1L:
称量121.1g Tris置于1L烧杯中。 加入约800ml的去离子水，充分搅拌溶解。
加入浓盐酸调节PH值至6.8。(参考:PH7.4所需浓HCl约70ml) 将溶液定容至1L。
高温高压灭菌后，室温保存。
* 注意:应使溶液冷却至室温后再调定PH值，因为Tris溶液的PH值随温 度的变化差异很大，温度每升高1°C，溶液的PH值大约降低0.03个单位。 -
1.5M Tris-HCl (PH8.8)，1L:
称量181.7g Tris置于1L烧杯中。 加入约800ml的去离子水，充分搅拌溶解。
加入浓盐酸调节PH值至8.8。(参考:PH8.0所需浓HCl约42ml) 将溶液定容至1L。
高温高压灭菌后，室温保存。
* 注意:应使溶液冷却至室温后再调定PH值，因为Tris溶液的PH值随温 度的变化差异很大，温度每升高1°C，溶液的PH值大约降低0.03个单位。 -
10%(W/V)SDS，100ml:
称量10g高纯度的SDS至于100-200ml烧杯中，加入约80ml的去离子水，68°C加热溶解。
滴加浓盐酸调节PH值至7.2。 将溶液定容至100ml后，室温保存。 -
5xTris-GlycineBuffer(SDS-PAGE电泳缓冲液)，1L:
Tris 15.1g Glycine 94g SDS 5.0g 加入约800ml的去离子水，搅拌溶解。
定容至1L，室温保存。
* 注意:灌胶玻璃板一定要清洗干净，各缓冲液确保新鲜配制，且PH值正确。 -
自制胶浓度以及转膜时间可参考下表:
分子量(KDa)胶浓度转模时间(250mA,h)140—2006%2.0—3.080—1408%1.5—2.025—8010%1.515—4012%0.75<2015%0.5