在样品制备前期，针对有些样品，需要加入特定的激动剂/抑制剂等处理之后在进行收集。
不同样品类型处理方法也各不相同，以下根据不同样品类型的处理方法做了个归类整理。
样本类型&注意事项
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主要样本类型如下
① 常规哺乳动物贴壁细胞 ② 哺乳动物悬浮细胞 ③ 哺乳动物软组织 ④ 动物血液样品 ⑤ 骨组织 ⑥ 细菌 ⑦ 真菌 ⑧ 昆虫细胞 ⑨ 植物组织 ⑩ 膜蛋白 ⑪ 细胞器/亚细胞器 ⑫ 细胞核/质蛋白组分 ⑬ 线粒体/胞浆组分 ⑭ 内质网组分 ⑮ 外泌体组分 ⑯ FFPE样本
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注意点主要有以下几点
尽量使用新鲜的样本，或分装保存样本，避免反复冻融
准备样品前：
了解样品的表达情况:可通过Biogps、Atlas、Uniprot、PSP等网站进行查询，或者查找相关参考文献
样品预处理：
1、 大多数修饰类蛋白需要经过诱导才能检测到
2、 设置预处理阳性和阴性对照
样品裂解：
1、 根据靶蛋白来源于细胞质、细胞核或者细胞膜来选择裂解强度不同的裂解液
2、 样品裂解时及时加入蛋白酶和磷酸酶抑制剂，防止靶蛋白的降解
3、 针对来源于细胞核或者组织的样品需要经过适当的超声处理，使样品充分释放 -
各种工具的功能如下
Uniprot：（点击观看Uniprot使用指南）
1、查询蛋白的定位、修饰、分子量等基本信息
2、查询蛋白质序列
3、查找同源性高的蛋白
Proteinatlas：（点击观看Protein Atlas 操作视频）
1、查询蛋白的定位、基本信息
2、查询蛋白在人细胞、正常组织和癌变组织中的表达情况
Biogps：
查询蛋白在不同种属和不同组织中的表达情况
PSP：
查询蛋白翻译后修饰位点信息