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2×Xerox PCR Master Mix是用高保真聚合酶Xerox DNA 聚合酶配制而成的2倍PCR预混液,包含了PCR反应中除引物和模板以外的其它所有组分。优化了反应体系的PCR预混液可以得到更稳定的扩增结果。 Xerox DNA 聚合酶是一种高保真的热稳定DNA聚合酶,用于快速高保真PCR扩增。在镁离子存在的条件下,该酶可催化三磷酸脱氧核苷酸沿5‘→3’方向发生聚合反应,合成DNA。它还具有校正功能的3’→5’外切酶活性。 Xerox DNA 聚合酶扩增得到的产物为平末端,可以直接克隆于平末端克隆载体或加A尾克隆于普通T载体中。Xerox DNA 聚合酶具有更高的保真性(保真性是Taq DNA 聚合酶的至少50倍,为Pfu DNA 聚合酶的6倍),更快的DNA合成速度(15-30sec/kb)和更强的扩增能力。
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Xerox DNA 聚合酶具有的很高热稳定性,可以用 98℃预变性,对于大多数模板而言,98℃预变性 1 min 就足够了,预变性不要超出 3 min。当然也可以按照常规方法使用 94℃变性 2-5 min。血液直接扩增时,预变性可设置 95℃ 10 min,让细胞裂解并释放DNA。
在循环扩增时,98℃变性持续时间可以设定 5-10sec,简单模板 5sec,复杂模板 10sec。
一般条件下,可以采用如上表所列的三温度梯度循环的 PCR 扩增方法,引物的退火温度为两条引物中较低 Tm-5,引物的退火持续时间可以设定 10-20 sec。当两条引物的 Tm 值都大于等于 70℃时,而且都使用了长引物,可以使用两步法来扩增,两步法中退火温度和延伸温度都为 72℃。
Xerox DNA 聚合酶的最佳延伸温度是 72℃。延伸所需要的时间依赖于扩增产物的长度和复杂度。对于质粒,BAC 这类
简单模板,可以使用 15 sec/kb 延伸速度,对于高复杂性的基因组 DNA,可以使用 30sec/kb 延伸速度。扩增 1kb 以下的产物时,延伸时间不要超过 40 sec。
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实际操作中应该首先计算需补加水的体积,先加水,然后按下表中所列顺序添加其它成分。充分混匀后,离心数秒使反应混合物沉到管底,将反应管置于PCR仪中进行扩增。
Component | 25 µl Reaction | 50 µl Reaction | Final conc. |
Nuclease-FreeWater | Add to 25μl | Add to 50μl | |
2× Xerox PCR Master Mix | 12.5μl | 25μl | 1× |
10 µM Forward Primer | 0.5-1μl | 1-2μl | 0.2-0.4μM |
10 µM Reverse Primer | 0.5-1μl | 1-2μl | 0.2-0.4μM |
Template DNA | variable | variable | < 1,000ng |
扩增模板:
1.低复杂基因组模板(质粒、病毒、λ和 BAC DNA 等),50 μl 体系中添加 5-10 ng。为获得更高保真性的扩增产物,高浓度模板和少量 PCR 循环数组合是一个较好的方法。
2.高复杂基因组模板,50 μl 反应体系中,DNA 模板的使用量应该在 100-500 ng,如果扩增的片段较长,最好用琼脂糖电泳检测 DNA的完整性。DNA 的完整性越好,长距离 PCR 的成功率越高。
3.cDNA 模板的添加量不要超过 PCR 反应体系的 1/10,50 μl PCR 反应体系中 RT 产物的加入量为 2-3μl,不要超过 5μl。
PCR循环设置:
Cycle step | Temperature | Time | Cycles |
Initial denaturation | 98℃ | 1 | |
Denaturation Annealing Extension | 98℃ 50-72℃ 72℃ | 5-10sec 10-20sec 10-30sec/kb | 25-40 |
Final extension | 72℃ 4℃ | 5 min Hold | 1 |
结果检测:
PCR 反应结束后,5-10μl 扩增产物用含 0.5μg/ml 溴化乙锭(或合适浓度的其它 DNA 染色试剂),合适浓度的琼脂糖凝胶电泳检测,电泳完成后在紫外透射仪下观察并记录结果。
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