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【流式秘籍83】Flowjo数据前处理,把好流式数据质量关

小白:罗工,你这流式图太炫酷了!我发现文章里的图各有不同,是怎么做出来的?
罗工:是用了Flowjo V10不同的插件来进行分析,传统流式圈门策略,需要画很多张图来展示要检测的所有细胞群体,然后再比较功能指标的差异。

而通过高阶分析通过降维算法,可以将检测的样本中的细胞群在一个平面中展开分布,这样能够轻松比较样本之间所有细胞群的差异了。

但在此之前需要做一些优化处理:

首先要知道即使在流式细胞仪、制样最佳的状态下,采集到的流式数据会有低于13%的垃圾信号(样本流速的改变、激光信号不稳定导致的数据获取不稳定、 样本动力学改变)。所以在处理流式数据前,需要先进行数据质控和异常数据的清除。

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今天重点说明的就是流式数据分析前处理。

1.1.质量评价:Check Sample Quality

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流式数据质量由高到低:绿色→蓝色→紫色→黄色→红色,流式数据质量高,随采样时间数据均匀分布,不升高或降低;数据质量低,偏离的噪音数据点多。

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小白:罗工,数据清除的原则是什么呢?会不会把我的样本差异都清除了呀?

罗工:这个问题很好,流式本身是统计方法学,数据清除的原则是:随着采样时间液流流速波动剧烈,信号异常波动,或动态范围外的信号都会被自动清除。如果你的数据差异是在清除后就消失了,那就说明原先的差异可能是噪音信号的干扰结果,如果进行了数据清除,样本间还存在差异,那才是真正的样本差异。

小白:那我要怎样清除这些不好的数据啊?

罗工:FlowJo Plugin里有3个数据清除助手来帮我们轻松实现。无论是平时的荧光流式实验,高维流式,光谱流式还是质谱流式数据,FlowJo都能辅助清除质量不好的数据。

1.2.数据清除FlowAI、FlowClean、PeacoQC

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小白:罗工,那这个数据清除还需要去细胞碎片,去黏连细胞的设门吗?

罗工:细胞碎片、黏连细胞虽然不是需要的数据,但它们在采集过程中没有采集质量问题,还是好质量的数据。总的来说,数据清除对应的是传统Time参数设门的步骤。在进入正式降维聚类分析前,我们仍然要进行非目的细胞的设门去除。

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小白:醍醐灌顶,罗工,有空接着讲讲其他插件的使用呗。

罗工:没问题~(小伙伴们请持续关注流式专家公众号--流式装备包--Flowjo使用技巧,我们会持续为大家答疑解惑~)

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